“瓦剌王”乌格齐哈什哈势力大增，对北元大汗额勒伯克将瓦剌统帅权交给丞相马哈木严重不满。1399年4月，以额勒伯克为夺取弟媳鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉，并残杀胞弟哈尔古楚克都古楞特穆尔洪台吉为借口，联络阿里不哥后裔坤帖木儿兴兵袭杀额勒伯克，乌格齐哈什哈立即拥立坤帖木儿为大汗，阿里不哥后裔再次夺取北元蒙古大汗之位由于瓦剌乌格齐哈什哈从黄金家族元裔手中夺取胜利，促使西部卫拉特蒙古“瓦剌”与东部蒙古“鞑靼”彻底决裂，蒙古政治中心全面转移到杭爱山以西的西部蒙古地区。乌格齐哈什哈率兵袭杀额勒伯克后，他就真正成为瓦剌部盟主。在乌格齐哈什哈的经营之下，瓦剌部逐渐强盛起来，作为一个独立重要的政治集团载入蒙古历史。根据《蒙古源流》记载，乌格齐哈什哈联合巴尔虎惕、呼里亚惕、巴图特、绰罗斯等部重新组建了瓦剌联盟。乌格齐哈什哈不但全面执掌瓦剌大权，由于他拥立坤帖木儿为大汗，汗廷大权实际控制在他手里，因而也将东部蒙古控制在自己手里。1402年，绰罗斯贵族首领马哈木势力强盛起来，马哈木兴兵消灭乌格齐哈什哈，因坤帖木儿是乌格齐哈什哈所立，也一同被害，终年26岁，在位3年。汉籍记载他被非元裔的“鬼力赤”弑杀篡位。

身世考证

坤帖木儿在两《黄金史》作“托欢”，《黄史》、《蒙古源流》、《传记之友》作“坤帖木儿”，波斯文史料《突厥系谱》记做“土兰帖木儿”。《黄史》、《蒙古源流》记载坤帖木儿是额勒伯克之子，《突厥系谱》记载为出自成吉思汗其他子孙，乌兰赞同本田失信所持阿里不哥后裔说，其理由有两种：一是瓦剌人仇杀忽必烈后裔额勒伯克后，再度将阿里不哥后裔扶上汗位，还是合乎情理的；二是坤帖木儿与瓦剌关系不错。《黄史》、《蒙古源流》所说坤帖木儿是额勒伯克可汗的长子同样不可信，他认为：“《黄史》、《蒙古源流》的说法还是为了保持成吉思汗—忽必烈系”黄金家族“汗统的纯洁性。