兵部尚书张时彻等闭城不敢出，阅二日引去。给事御史劾时彻及守备诸臣罪，时彻亦上其事，词多隐护。舜劾其欺罔，时彻及侍郎陈洙皆罢。帝久不视朝，严嵩专国柄。橓言权臣不宜独任，朝纲不宜久弛，严嵩深憾之。已，劾嵩党宁夏巡抚谢淮、应天府尹孟淮贪黩，谢淮坐免。是年，嵩败，舜劾由嵩进者顺天巡抚徐绅等五人，帝为黜其三。迁兵科都给事中。劾南京兵部尚书李遂、镇守两广平江伯陈王谟、锦衣指挥魏大经咸以贿进，大经下吏，王谟革任。已，又劾罢浙江总兵官卢镗。寇犯通州，总督杨选被逮。及寇退，橓偕其僚陈善后事宜，指切边弊。帝以橓不早劾选，杖六十，斥为民。
邱橓归乡，拖欠地方税款数百十金”。
万历十一年秋，起右通政。未上，擢左副都御史。
万历十二年，万历皇帝对张居正开始清算，丘橓则趁机弹劾几个大臣依附冯保，得罪名教”。接着张家遭到查抄，丘橓顺理成章成为了这次查抄的主导者。
于慎行是丘橓的老乡，写信给丘橓，劝他不要欺负张家孤儿寡母，宜推明主帷盖恩，全大臣簪履之谊”。
但是丘橓无所顾忌。五月初五日，丘侍郎到府，初七日提敬修面审，其当事噂沓之形，与吏卒咆哮之景，皆生平所未经受者”。张家上下老小饿死者十余人，栲掠不得，又逼张家攀诬其他大臣。其妇女自赵太夫人而下，始出宅门时，监搜者，至揣及亵衣脐腹以下，如金人靖康间搜宫掖事，其婴稚皆扃钥之，悉见啖于饥犬！”张居正的长子张敬修受不了此等凌辱，愤而自杀，在遗书中，他留下了对丘橓最后的控诉：丘侍郎、任抚按、活阎王！你也有父母妻子之念，奉天命而来，如得其情，则哀矜勿喜可也，何忍陷人如此酷烈！”
张敬修自杀后，抄家暂缓。但是万历无意放过张居正，丘橓很快又卷土重来，对张家进行了二轮追赃”，王篆、曾省吾、傅作舟等人，都被指认为藏匿张家财物，遭到牵连。
丘橓回京。还，转左侍郎，增俸一秩。寻拜南京吏部尚书，卒官。赠太子太保，谥简肃。
邱橓生二子，长子云章嘉靖四十四年（1565年）中进士，任深州知州，二十五岁时便死于任上；次子夭折。
邱橓1585年卒，万历皇帝钦赐御葬，着海瑞(何以尚)亲自主祭。葬于诸城城南之原。
其著作颇多，有《四书摘训》20卷、《礼记追训》10卷、《奏疏》、《诗文集》等。
《和沈少尹登超然台》
幽攀无复吏人哗，山有闲云菊有花。
槛得孤鸿碑旧削，台因百雉阁新知。
芳尊独对神仙侣，下界斜通处士家。
只解隔林晖落景，何能即度赋飞霞。
