昭宁元年（189年）八月，洛阳发生政变，中常侍张让等人斩杀大将军何进。何进部将吴匡素来受何进厚恩，便为其报仇，攻打宫门，进而吴匡认为车骑将军何苗与何进不同心剿灭宦官，导致何进被害，故转向攻击何苗。董旻时任奉车都尉，与吴匡联手击败何苗，斩之。初平元年（190年），以袁绍、袁术为首的关东联军集结酸枣县，讨伐董卓。董卓将汉献帝刘协转移到长安。初平二年（191年），雒阳被孙坚攻破，董卓也率军进入长安，封董旻为左将军。初平三年（192年），吕布刺杀董卓，王允专权，派皇甫嵩率军攻打郿坞，将董卓族人全部屠杀，其中包括董