少入庐山，师事著名佛学大师慧远大师，从之学三礼、毛诗，并修净业。其后，立馆于东林寺之东，为东林十八贤之一。雷次宗少时便有远迹隐居之意，长乐隐退，笃志好学，成为一个兼通儒佛的学者。

元嘉十五年（438），宋文帝召至京师，令开馆于鸡笼山，聚徒百人教授。文帝“东驾数幸次宗学馆，资给甚丰”。又授给事中官职，次宗不受，还归庐山。

从庐山回到南昌，又开馆授徒，依然讲学不倦。并撰《豫章记》一书，记载当时豫章郡风俗民情，故明代胡俨说：“豫章之有志，始于雷次宗。”

二十五年，帝复强征至京师，为筑招隐馆于钟山西岩下。为皇太子和诸王讲授经学。次宗不入公门，每自华林园东门入延贤堂为太子诸王讲经。

是年无疾而卒于钟山，世寿六十三。